1957年，九万山经营管理所建立。

1958年，改为三岔林场。

1962年，林权交三防公社代管。

1975年，重新恢复管理所。

1980年，确定为防护林区。

1982年广西壮族自治区批准建立“九万山自然保护区”。

1992年8月20日，融水苗族自治县第十届人民代表大会常务委员会第十次会议通过了《融水苗族自治县水源林动植物保护区管理实施细则》，确定九万山自然保护区总面积56万亩。

2007年8月1日，经国务院批准九万山列为中国国家级自然保护区。

2021年2月5日，被中国林学会命名为第五批全国林草科普基地，有效期为2021年～2024年。

2023年11月30日，国家林业和草原局公布《陆生野生动物重要栖息地名录（第一批）》，“广西九万山兽类及鸟类重要栖息地”入选。